L’ACP est gouvernée par un conseil d’administration avec l’apport d’un conseil consultatif composé de conseillers représentant les membres des diverses catégories, les présidents de division, les conseillers régionaux, les conseillers généraux et le rédacteur en chef de La physique au Canada.
Le conseil d’administration, qui est élu par les membres, a charge de gérer et de superviser les activités et les affaires de l’Association.
Le conseil consultatif rencontre le conseil d’administration deux fois l’an pour lui fournir des avis sur les questions de gouvernance et échanger de l’information ayant trait aux diverses préoccupations et aux domaines d’intérêt au sein de l’Association et de la collectivité de la physique.
Un bureau et un personnel dont le siège est à Ottawa supervisent l’administration de l’Association et de ses programmes